آیت الله محسن مجتهد شبستری در سال ۱۳۱۶ در «شبستر» آذربایجان شرقی متولد شد. پس از گذران تحصیلات مقدماتی برای تحصیل علوم حوزوی در سال ۱۳۳۲ عازم حوزه علمیه قم شد و بعد به درجه اجتهاد رسید. او که از شاگردان امام خمینی(ره) بود، توانست از اساتید برتر دیگر آن دوران از جمله سید حسین بروجردی، سید محمد محقق داماد، سید محمد رضا گلپایگانی، میرزا هاشم آملی و نیز علامه طباطبایی در بحث تفسیر بهره ببرد.
آیت الله شبستری در دوران ستمشاهی نیز فعالیتهای گستردهای انجام داد. وی در کنار شهید مطهری، شهید مفتح و شهید بهشتی جامعه روحانیت مبارز را در تهران تأسیس کرد و تاکنون نیز عضو شورای مرکزی و عضو هیأت داوری این مجموعه است.
هدایتِ راهپیمایی و فعالیتهای سیاسی منطقه ۶ تهران و سخنرانی علیه رژیم منحوس شاهنشاهی در اجتماعات بزرگ به عهده وی بود و در این راه بارها تحت تعقیب ساواک قرار گرفت و بازداشت شد و پس از پیروزی انقلاب اسلامی مدتی مسئولیت کمیته انقلاب را در منطقه ۶ تهران عهدهدار شد.
وی پس از پیروزی انقلاب اسلامی در دورههای اول، دوم و سوم نماینده مجلس خبرگان رهبری بود و در دوره چهارم عهدهدار سمت سخنگوی کمیسیون تحقیق خبرگان رهبری شد. همچنین چهار دوره، نماینده مجلس شورای اسلامی در سمت ریاست کمیسیون اقتصاد در کارنامه خدمت وی به نظام جمهوری اسلامی ایران ثبت شد. آیتالله شبستری همچنین عهدهدار ریاست شورای عالی مجمع جهانی اهلبیت(ع) شد و نیز در سال ۷۴ از سوی مقام معظم رهبری امام جمعه تبریز شد. ایشان ابتدا به صورت موقت عهدهدار این مسئولیت شد، اما پس از اتمام دوره نمایندگی در مجلس، به امامت جمعه دائم تبریز منصوب شد. همچنین بیش از ۱۰ سال است که بنا به دستور مقام معظم رهبری مسئولیت نمایندگی ولی فقیه در استان آذربایجان شرقی را بر عهده گرفته است.