مهدی باکری در سال ۱۳۳۳ در یک خانواده مذهبی در شهرستان میاندوآب به دنیا آمد. وی در دوران کودکی، مادرش را از دست داد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رساند و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باکری به دست دژخیمان ساواک) وارد جریانات سیاسی شد.
به گزارش تبریزمن، شهید باکری پس از اخذ دیپلم با وجود آنکه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مکانیک مشغول تحصیل شد. از ابتدای ورود به دانشگاه تبریز یکی از افراد مبارز این دانشگاه بود. او برادرش حمید را نیز به همراه خود به این شهر آورد.
مهدی باکری در طول فعالیت‌های سیاسی خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواک) تحت کنترل و مراقبت بود. پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از کشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل کشور فعال شود.
مهدی باکری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی(رحمت الله علیه) – در حالی که در تهران افسر وظیفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی کرد و فعالیت‌های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.
پس از پیروزی انقلاب و بدنبال تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد درآمد و در سازماندهی و استحکام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا کرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت ۹ ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده‌ای را از خود به یادگار گذاشت.
ازدواج مهدی باکری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه کلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزنده‌ای برای مردم انجام داد.
مهدی باکری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاش‌های گسترده‌ای را در برقراری امنیت و پاکسازی منطقه از لوث وجود وابستگاه و مزدوران شرق و غرب انجام داد و برغم فعالیت‌های شبانه‌روزی در مسئولیت‌های مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تکلیف خویش را در جهاد با کفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه‌ها شد.
مهدی باکری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتح‌المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در کسب پیروزی‌ها موثر باشد. در این عملیات یکی از گردان‌ها در محاصره قرار گرفته بود، که ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بی‌نظیر آنان را از محاصره بیرون آورد.
در همین عملیات در منطقه رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله کمتر از یک ماه در عملیات بیت‌المقدس (با همان عنوان) شرکت کرد و شاهد پیروزی لشکریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود. در مرحله دوم عملیات بیت‌المقدس از ناحیه کمر زخمی شد و با وجود جراحت‌هایی که داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی‌سیم هدایت کند.
در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بی‌امان در داخل خاک عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصم‌متر از پیش در جبهه‌ها حضور می‌یافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه‌روز تلاش می‌کرد. در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشکر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاک گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیک آزاد شد.
مهدی باکری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداکار، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه‌جانبه‌ای را از خود نشان داد.
در عملیات خیبر زمانی که برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی که به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده‌اش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شده است.
وی در نامه‌ای خطاب به خانواده‌اش نوشت: من به وصیت و آرزوی حمید که باز کردن راه کربلا میباشد همچنان در جبهه‌ها می‌مانم و به خواست و راه شهید ادامه می‌دهم تا اسلام پیروز شود. تلاش فراوان در میادین نبرد و شرایط حساس جبهه‌ها، او را از حضور در تشییع پیکر پاک برادر و همرزمش که سالها در کنارش بود بازداشت. برادری که در روزهای سراسر خطر قبل از انقلاب، در مبارزات سیاسی و در جبهه‌ها، پا به پای مهدی، جانفشانی کرد.
نقش مهدی باکری و لشکر عاشورا در حماسه قهرمانانه خیبر و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی که آنان در دفاع پاتکهای توان فرسای دشمن از خود نشان دادند بر کسی پوشیده نیست. در مرحله آماده‌سازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به کندی می‌گذشت اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب کرد و چونان مرشدی کامل و عارفی واصل، آنچه را که مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد بکار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت.
بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلی‌بن موسی‌الرضا(ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهادت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی(ره) و حضرت آیت‌ا… خامنه‌ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند.
این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ ۱۳۶۳.۱۲.۲۵، به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول، به خطرناکترین صحنه‌های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد، تلاش می‌نمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتکهای دشمن تثبیت نماید، که در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل گردید.
هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آب‌های هورالعظیم انتقال می‌دادند، قایق حامل پیکر وی، مورد هدف آرپی‌جی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست.
او با حبی عمیق به اهل بیت عصمت و طهارت(ع) و عشقی آتشین به اباعبدالله‌الحسین(ع) و کوله‌باری از تقوی و یک عمر مجاهدت فی سبیل‌الله، از همرزمانش سبقت گرفت و به دیار دوست شتافت.
.
